Участник ООО не явился на общее собрание. Как запротоколировать этот факт в целях прдявления иска об исключении из ООО?

Во-первых по протоколированию неявки. Перед проведением общего собрания участников в форме собрания (совместного присутствия) производится их регистрация. Таким образом факт участия/неучастия в собрании находит свое отражение в листе регистрации участников. Кроме того, как было справедливо указано выше, сведения о присутствовавших могут быть в протоколе общего собрания участников общества.
Однако для исключения из числа участников важно, чтобы неявка на собрания привела к негативным последствиям для Общества. Я не могу припомнить навскидку ситуации, когда требовалось бы внесение изменений в учредительный договор общества. Единогласное принятие решений также предусмотрено в очень ограниченном перечне случаев. Так что тут дело не в количестве собраний, а в принимаемых на нем решениях.
В действительности нет необходимости тратить так много сил, чтобы исключить участника с 1%. Если он не согласен продать свою долю - регистрируйте без его участия новое ООО и перекидывайте на него все имущество как вариант ;) Останется он со своим процентом, но ему он будет не нужен уже.

а зачем тебе протокалировать когда в суд с иском обратишься приложи протокол общего собр. учр. там ведь прописано кто присутствовал, а т.к. все равно учредительные будешь подавать все равно суд увидит сколько участников общества, но я советую провести еще одно собрание, а то одно как то шатко вот даже есть постановление пленумов ПЛЕНУМ ВЕРХОВНОГО СУДА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ N 90
ПЛЕНУМ ВЫСШЕГО АРБИТРАЖНОГО СУДА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ N 14

17. При рассмотрении заявления участников общества об исключении из общества участника, который грубо нарушает свои обязанности либо своими действиями (бездействием) делает невозможной деятельность общества или существенно ее затрудняет, необходимо иметь в виду следующее:
а) учитывая, что в силу статьи 10 Закона решающим обстоятельством, дающим право на обращение в суд с таким заявлением, является размер доли в уставном капитале общества, правом на обращение в суд с требованием об исключении участника из общества обладают не только несколько участников, доли которых в совокупности составляют не менее десяти процентов уставного капитала общества, но и один из них, при условии, что его доля в уставном капитале составляет десять процентов и более;
б) под действиями (бездействием) участника, которые делают невозможной деятельность общества либо существенно ее затрудняют, следует, в частности, понимать систематическое уклонение без уважительных причин от участия в общем собрании участников общества, лишающее общество возможности принимать решения по вопросам, требующим единогласия всех его участников;