Подскажите!! Счет выставлен с НДС, ошибочно проплатили без НДС. Можно НДС просто доплатить отдельной платежкой? или нет?

Платите, только в примечаниях в т.ч. НДС пишите полностью сумму по платежке.

можно. в назначении платежа пишите "доплата по сч № от..."

можно

Зачем вам это надо? Напишите письмо контрагенту. В п/п № от допущена ошибка просим вас в назначении платежа читать "Далее по тексту, в том числе НДС"