Ошибка в бух.балансе. Что делать с балансом и какие разъеснительные письма писать в налоговую?

С балансом уже сданым делать ни чего не надо. Вам отказали в возмещении в следующем отчетном периоде. Вот на этом основании и делайте бухгалтерские справки, исправляющие данные баланса в том периоде, когда был получен отказ и соответственно, эти изменения отразятся уже в следующем балансе. А по поводу возмещения НДС а данном случае Вы не имеете права на возмещения. Т.е. если нет деятельности, то ОС и не молжет быть введено в эксплуатацию и работать - это ясно. Но есть другие факторы. В период приостановления деятельности организация может нести расходы, облагаемые НДС, например, при уплате налога поставщикам коммунальных услуг. Однако в этот период не происходит реализации, т.е. отсутствует налоговая база по НДС. В таких случаях налоговые органы утверждают, что при отсутствии в течение налогового периода объекта налогообложения вычет не может быть предоставлен.
Налоговый кодекс не связывает момент предъявления вычета с моментом реализации приобретенных ценностей или наличием иных облагаемых НДС операций. Здесь налогоплательщик должен сам решить, отражать в налоговой декларации входной НДС или нет. В случае отказа в возмещении налога можно обжаловать данное решение в суде.

Год ещё не кончился, исправление в бух.документах вносится в периоде обнаружения ошибки, требование налоговой надо выполнить, документы для проверки уточненной декларации обязательно представить, на сумму недоимки в связи с неуплатой НДС ждите обязательно санкции, штраф в размере 20% от суммы неуплаченной НДС, пени будет обязательно

Вообще то право на вычет вы имеете, даже если деятельность предприятия не ведется. Это подтверждается и письмами Минфина. С другой стороны налоговая к этому очень придирается, а то что оборудование установлено или не установлено, это не имеет значения, т.к. НДС к вычеты вы берете в момент оприходования.
По поводу исправления в бух.балансе - никаких уточненных балансов сдавать не нужно, т.к. у вас их просто налоговая не примет, в балансе все показатели отражаются нарастающим итогом, поэтому в следующем отчетном периоде вы и отразите тот остаток по счету, какой должен быть.

Приехать и поговорить с инспектором, - с 2008 в их обязанность вхоидит разяснять... Если просто отписыват они и ошрафуют и нагрянут