Может ли организация применяющая УСН И и ЕНВД иметь филиалы или обособленные подразделения? Если да ,то как будет налого

нет, филиалы могут иметь только организации на ОСНО

В главе 26 Налогового кодекса РФ подробно изложено что можно и что нельзя предприятям и индивидуальным предпренимателям, применющим особые налогове режимы (УСН, ЕНВД), читайте

Откроете филиал - сразу же слетите с УСН и окажетесь на ОСНО.