Какие документы нужно приложить к котировочной заявке (смета, лицензия, свидетельство о регистрации и т.д.)?

Не требует лицензию и смету - не прикладывайте.Если следовать буквально требованиям ст.44 94-ФЗ, то вы к котировочной заявке не обязаны прикладывать ни лицензию, ни смету, даже если заказчик их требует. А в вашем случае, по-видимому, и не требует (правильно, наверное, битый ФАСом). Однако лицензию и (или) смету заказчик с полным правом может потребовать от вас уже после признания вас победителем (если выиграете), но ДО подписания им госконтракта. Поэтому внимательно прочитайте проект госконтракта, к-рый заказчик разместил в составе запроса котировок. К слову: арбитражная практика в основном ПОДТВЕРЖДАЕТ право заказчика требовать от подрядчика лицензию и смету в составе котировочной заявки (по этому поводу есть масса решения арбитражных судов различных инстанций, вплоть до федеральных, например, Северо-Западного, Западно-Сибирского). Поэтому г-н Неизвестный прав: лучше соблюдать требования заказчика, т.к. в ФАС подать жалобу можно, и дело там выиграть можно, а заказчик, зная об арбитражной практике и имея в перспективе выплату штрафа, подаст в суд на решение ФАСа, а там - см. выше. Поэтому буквально следуйте требованиям заказчика.

Предоставляются те документы, которые перечислены в заявке. А 94-ФЗ содержит в себе перечень документов. Читайте 25 статью Порядок подачи заявок на участие в конкурсе.

В данном случае рекомендую вам придерживаться строго рекомендаций и требований гос.заказчика, так как вы ФОРМАЛЬНО должны соответствовать его запросам.
Если вам откажут и отклонят при условии соблюдения вами всех требований 94-фз и требований заказчика вы всегда можете подать жалобу в ФАС и выиграть.
Не забудьте про требования статьи 44 94-ФЗ и будет у вас удача.

Важно ФОРМАЛЬНО соблюсти все условия в своей заявке и тогда вас не "снесут", или вы сможете "свалить" торги.
И не жалейте бумаги
Удачи!