Как в программе 1С Бухгалтерия сделать возврат поставщику?

В общем журнале введите операцию СТОРНО. А в счете-фактуре полученной поставте галочку с-ф на возврат.

а возврат по причине какой?

Оприходуй как товар, потом сделай от себя к поставщику "отгрузку товаров, работ, услуг" с применением закладки "возврат поставщику".