Если же должность главного бухгалтера в штатном расписании уже имеется, а генеральный директор приказом возложил на себя

Читайте что написано в приказе! Если возложил на себя обязанности гл.бух., следовательно должны быть и начисления за совмещение, обычно сразу в приказе и пишут...
Если в приказе нет отметки о начислении, то можете и не начислять.

А работник на должности главбуха имеется?
Мало ли чего в ШР напишут.