Являются ли аффилированными лицами ЗАО и ООО, где участник ЗАО и финансовый директор ООО одно физ.лицо?

От вида сделки зависит

если только между собой будут вести дела тогда могут быть вопросы, а так это не проблема

нет не являются ни коим образом

Не являются. Для проверки посмотрите Закон о конкуренции и ограничении монополистической деятельности. Там дано определение оффилированности и указаны лица :)))