выделяются ли дополнительные средства для бухгалтерии школ, которые перешли на самостоятельный бухгалтерский учет?

Ничего кроме зарплаты бухгалтеру.

Школы - бюджетные учреждения и обслуживаются централизованными бухгалтериями муниципальных образований, тоже являющихся бюджетными учреждениями. В случае отказа школы обслуживаться централизованной бухгалтерией, финансирование деятельности бухгалтера школы должно быть предусмотрено в бюджете муниципального образования в соответствии со штатным расписанием школы.

Если в школе штатный бухгалтер, то муниципалитет оплачивает данную штатную единицу. Если бухгалтер внештатный - то не оплачивает.