Возмещение НДС.

Приветствую всех! Есть вопрос. Организация в которой я работаю, подаёт на возмещение НДС. Как я понимаю, на примере это значит так: купили на 100 руб., из них НДС 18 руб., продали на 50 руб., из них НДС 9 руб. То есть бюджет нам должен вернуть 9 руб. Правильно?  На сколько я понимаю, правильно. Наш главбух конечно с этим согласна, но, говорит что если мы не предъявим запрашиваемые документ по комеральной проверке, по книге покупок, нам придётся эти 18 руб. уплатить. Это на самом деле так? Ситуация такая, что в этом году, к возмещения у нас нечего нет, так как книга покупок примерно составляет такую же сумму что и книга продаж. Но они всё равно собираются подавать на возмещение. Потому как, они считают, что если этого не делать, то придётся уплатить весь НДС по книге покупок. Заранее благодарна!