Вопрос про спор с налоговой

В 2006 г.предприятием был заключен договор на ремонт здания с ООО,предприятие поставило на возмещение НДС.В 2008г. из налоговой пришло обращение-согласно решения арбитражного суда-регистрация этого ООО была признана с нарушениями законодательства,налоговая пишет,чтобы мы вернули НДС,который был поставлен на возмещение и пересчитать налог на прибыль.Какие санкции нам предъявят,если мы не перечислим добровольно в бюджет НДС,я им сказала-пусть будет выездная проверка и они напишут акт.Мы сделали запорос на предоставление выписки из ЕГРН,просто интересно-ведь предприятие в то время было действующим,а если они не заплатитли НДС-это их проблемы,а не наши.