ни чего жестокого по ндс с авансов и нет.А в вашем случае если произошла отгрузка,то вам кроме ТН(илиТТН) должны быть выставлены и счета- фактуры. Вот на основании их вы и производите оплату за полученный товар. почитайте
Вы можете оплатить товар по с/ф, полученной от продавца или по договору.
почитайте