В результате наводнения была уничтожена существенная часть запасов товаров компании. Бухгалтер решает не отражать отдель

По логике вещей это неверно. Должен быть акт о наводнении, должна быть внеплановая инвентаризация, в ходе которой определяется количество испорченных или пропавших товаров, такого рода убыток не списывается напрямую на себестоимость, ну и масса других доводов против такого поступка.

Если ваше компания торговая, то количественный учет товаров у Вас не сойдется. Инвентаризация не пойдет.