В 2006г. после установки 1С, забыли внести в нее оборудование. Как сейчас его грамотно провести?

Только исправительными проводками и доначислить налог на имущество за все неучтеные периоды.

Что значит забыли? Оплатить то не забыли...Задним числом вносите и делаете допы по имущ.налогу, а также исправляйте статьи расходов в годовой декларации