Каждое физ.лицо является налогоплательщиком НДФЛ со своих доходов. За физ.лицо НДФЛ может платить налоговый агент, удержав НДФЛ из доходов налогоплательщика. Если ООО это сделало, то налогоплательщик не обязан подавать 3-НДФЛ, за него это сделает налоговый агент, подав 2-НДФЛ. А вот письмо ФНС О НАЛОГЕ НА ДОХОДЫ ФИЗИЧЕСКИХ ЛИЦ
Если физ. лицо сдает в аренду помещение, то получает доход, с которого надо заплатить 13% налога и соответственно (поскольку это дополнительный доход) представить налоговую декларацию.
НДФЛ от продажи недвижимости должно само физ. лицо заплатить, а так ООО будет являться налоговым агентом и обязано будет уплатить НДФЛ за физ. лицо.
А вот письмо ФНС
О НАЛОГЕ НА ДОХОДЫ ФИЗИЧЕСКИХ ЛИЦ