ТСЖ платят ли НДС с дотаций и как по бухгалтерии оформить арендную плату с арендаторов за сданные нежилые помещения.

НДС с дотаций платить не должны, поскольку финансирование капремонта из средств бюджета не есть суммы, связанные с оплатой каких-либо работ или услуг самого ТСЖ. Хотя у налоговой может быть свое мнение на этот счет, поскольку Минфин пока на этот счет не высказывался. Так что может быть и придется поспорить.
Арендная плата за предоставление в пользование нежилых помещений облагается НДС и налогом на прибыль в общем порядке. Поэтому нужно вести раздельный учет по входящему НДС и по расходам (для целей налога на прибыль).