Принято решение о реорганизации компании из ООО в ЗАО. Как в этом случае следует оформить отношения с работниками?

Реорганизация не является основанием для изменения или расторжения трудовых отношений с работниками, поэтому, действительно, как советует Татьяна, сделайте записи в трудоовых книжках и составьте допсоглашения в трудовым договором. Однако, работник сам может отказаться от работы в реорганизованной компании и тогда трудовой договор с ним расторгается по п. 6 ст. 77 ТК РФ

В трудовой книжки делаетс отметка о том,что фирма реорганизована в ЗАО и ссылка на протокол

Ничего не меняете. Только вносите запись о реорганизации в трудовую книжку.+Доп.соглашение к трудовому договору.