Подскажите пожалуйста Если у нас упрощенка ,а счет выставили с учетом НДС.То как оплачивать с НДС или без него.Спасибо

Конечно с НДС. Ни один контрагент не согласится уменьшить сумму выставленного счета (на сумму НДС), только потому, что вы на УСН и не являетесь плательщиком НДС.

Вы в платежном поручении НДС выделяете.

Конечно с НДС, только у Вас НДС будет учитываться в стоимости товара.

оплачивать с НДС

Оплачиваете счет выделяя в платежном поручении НДС , это нормально.

Конечно с НДС.

оплачивать всю сумму.