Почему бухгалтерия расчитывает больничные,но не может рассчитать пенсию. Ведь все взносы ЕСН уплачиваются одинаково?

Потому что расчет пенсии очень сложный и зависит от множества факторов, и не только от заработной платы. Не случайно ведь расчетами занимается целый пенсионнный фонд. Эти расчеты не входят в обязанности бухгалтерии. У них и так работы выше крыши, зачем им это все знать. Купите презент, возьмите свои данные и сходите в пенсионный фонд. Они Вам быстренько сосчитают, т.к. у них все расчеты автоматизированы.

потому что для расчета больничных бухгалтерия берет данные по зар плате за 3 месяца работы в данной организации, а для расчета пенсии нужна зар плата за все время работы по всем местам работы.

Расчет пенсий - функция Пенсионного фонда