По какой трассе лучше ехать от Екатеринбурга до Новосибирска и сколько примерно это займет по времени?

2 дня точно займет. А ехать надо до Омска, потом на М-53

После получения сообщений от пользователей -
заходите на сайт http://www.ati.su и там можете сами
проложить варианты проезда, где увидите расстояния
и время при средних скоростях.
Судя по картинке, надо по М 51, а не М 53.
Ну и также важный момент - пересечение границы с Казахстаном.