По итогам второго квартала из-за авансовых патежей был «переплачен» НДС.

Начальнику ИФНС**
от ООО **
адрес***
ИНН/КПП***
Заявление
Просим зачесть переплату в лицевом счете по налогу на добавленную стоимость (КБК 18210301000010000110) в счет гашения задолженности по срокам уплаты 20.10.09 г., 20.11.09 г., 20.12.09 г.
Руководитель***
Печать

По НДС авансовые платежи не вносятся. Это не налог на прибыль.

ОрганизацияХХХХ ИНН КПП ОГРН просит вас учесть имеющеюся переплату по данному налогу ( наименование налога )в счет уплаты будущих платежей

по Декларации НДС вам не зачтут ничего. Даже если у вас в декларации НДС к возсрату из бюджета - вы должны подать в ИФНС документы на камеральную проверку. Возврат производится только по решению комисси после камералки.
Платить НДС с полученных от клиентов авансов - ваша святая обязанность!