Переход с УСН 6% на общую систему налогообложения. Проблема с долгосрочными договорами.

Сделайте доп.соглашение к договору.

Отослать арендатору письмо - что вы с такого-то периода будете являться плательщиком НДС и стоимость арендной платы вырастет на 18%. Если не согласится - придется за счет аренды платить эти 18% либо искать другого арендатора.

допсоглашени .А почему при изменении состава учредителей вы уходите с упрощенки?

что значит согласится или не согласится ???
НДС - налог возмещаемый, и если тем более контрагент сам на НДС, то учитывая, что "он" допропорядочная организация - ему абсолютно по барабану переплата в виде НДС.

А на счет аренды ...+18 % НДС это не увеличение арендной платы, а именно +18% НДС

Итог - просто начинаешь выставлять счета с +18% НДС, если с контрагентом нет "жэнтльменских" отношений, можешь заранее выслать копию решения о переходе на общую систему налогообложения

Ст. 168 НК предусматривает, что при реализации товаров, работ или услуг налоговый агент (продавец, т.е. вы) сумму НДС дополнительно к цене услуги или товара обязан предъявить к оплате покупателю соответствующую сумму налога. Таким образом налог в должен платить покупатель. Если у вас была упрощенка, то скорее всего, в договоре указана сумма без НДС, при переходе на ОСН вы извещаете арендатора об этом и выставляете сумму к оплате Цене договора + 18%