Отражается ли ндфл в строке041 декларации на прибыль? И какие еще налоги входят в 041(общая система налогооб-ния)?

НДФЛ в данную строку не входит, если вы имеете ввиду строку 041 приложения №2 к листу 02.
В ней отражаются все начисляемые Вами налоги(имущество, транспортный и т.д.) за минусом ЕСН и налогов перечисленных в статье 270 НК.