Обязательна ли счет фактура при акте выполненных работ (транспортные) без НДС

нет...если предприятие не является плательщиком НДС-а, а это допустимо при упрощенной работе.
тогда они просто не имеют возможности вам выставить ее..

Нет, не обязательно. Но можете выставить покупателю, если сильно просит - без НДС разумеется.

Из вопроса неясно, на каком режиме налогообложения Вы находитесь. Как правило, оказание транспортных услуг облагается Единым налогом на вмененный доход. (гл. 26.3 НК) А «Организации и индивидуальные предприниматели, являющиеся налогоплательщиками единого налога, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость (в отношении операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с главой 21 настоящего Кодекса, осуществляемых в рамках предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом), за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации».
На основании п.4 ст. 346.26 организации и индивидуальные предприниматели, применяющие систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход, счета-фактуры при осуществлении ими предпринимательской деятельности, облагаемой данным налогом, не выставляют. Об этом говорит и Минфин России в письме от 13.05.2005 N 03-06-05-04/124.
Если вы все же выставили счет фактуру без НДС, представьте «пустую» декларацию по НДС за указанный период

нет, не обязательна, счет-фактура обязательна для работ, услуг, товаров с ндс.

ндс не платит, сч-факт не нужна, но нужно уведомление из налоговой о том, что контрагент не является платильщиком НДС.

Обязательна

НА мой взгляд, выписка счета-фактуры - обязательна, так как он (счет-фактура) являтся подтверждением полученного дохода, а акт выполненных является всего лишь подтверждением выполнения этих самых работ. НДС тут роли не играет.