о НДС

Торговая оптовая компания работает на ОСНО по отгрузке.Если в платежном поручении при оплате аванса НДС не совпадает со Счет-фактурой,как я понимаю, если мы работаем по отгрузке,то документом для возмещения НДС является только С.Ф. и никакой роли не играет сумма указанная в платежном поручении. Или я заблуждаюсь.. А то меня сейчас ввели в смятении. Заранее благодарна