неправильно были перечислены деньги в ПФР, как их вернуть, если налоговая отказывается это делать?

Что значит отказывается? пишите письмо О возврате, далее налоговая смотрит, есть ли у вас задолженность в бюджет если нет, то через полгода получите свои кровные назад

Делаете акт сверки с налоговой по взносам в ПФР (по работникам и ЧП). Разница тут же вылезет. Пишете заявление о возврате денег с ЧП, одновременно перечисляя недоплату на работников. Или будет числиться переплата по ЧП, за следующий период недоплатите эту сумму. Все встанет на свои места.