Налоговая перечисляет сумму зачтенного НДС на расчетный счет организации, как отразить в бухгалтерском учете? Попадает

Вот вы даете! Готовы заплатить налоги с налогов?
Вам возвращают вашу переплату по НДС - вот и уменьшайте остаток по счету 68 НДС!
Это не доход!

Не знаю правильно ли я сделала, но советовалась я со многими бухгалтерами и
я сделала Бухгалтерскую справку Дт 68.2 Кт 84.1 на сумму НДС.

Надо сделать проводку: Дебет 51 Кредит 68.НДС

Д51 К68(НДС). И к гадалке не ходи!