Начисляете ли вы отдельно НДФЛ с больничных листов и как ведете учет?

Это совершенно нецелесообразно... и в этом нет никакой необходимости. А так (если много свободного времени) заведите субстчет 68/1/больн.лист и учитывайте отдельно....

Программа не делит б/л или премия, НДФЛ начисляет со всего. Отдельный учет НДФЛ нецелесообразен.

с больничных тоже удерживается НДФЛ, а потом суммируется с начисленной з/п и больничных