Начисление НДФЛ на лицевом счете в налоговой инспекции (внутри)

Вы правы, как таковой, учет по этому налогу не ведется. Начислений по поданным вами справкам 2-НДФЛ не делают. В течение года в карточке лицевого счета копится переплата, а по концу года налоговая ее (переплату) обнуляет. Проверку правильности и своевременности перечисления проведут только при выездной проверке.

Вы, налоговый агент, должны перечислить в бюджет то, что удержали с налогоплательщика (работника). В лицевом счете оттображены суммы перечисленные и суммы начисленные. Если перечислено больше, чем начислено, то Вы можете перечислить теперь меньше на сумму переплаты. Если перечислено меньше, чем начислено, то Вы должны
перечислить теперь недоимку. Если по справкам удержано=начислено, то расчеты с работниками по НДФЛ закончены. Если удержано<начислено, то удержать с работника в пользу работодателя или для перечисления в бюджет. Если удержано>начислено, то выплатить работнику разницу.

В течение года налоговая не имеет возможности отразить начисление по НДФЛ, т.к. нет данных - это верно, они ставяи ноль.
Начисление в вашей карочке должно быть проведено после подачи вами сведений. Тогда и сверяйтесь.
Если у них не отражена переплата - тем более проведите сверку и напишите акт разногласий. тогда сможете либо вернуть переплату по НДФЛ, либо зачесть ее в счет платежей текущего года. Иначе ваша переплата потеряется, а в текущем периоде, если вы самостоятельно уменьшили платежи на переплату, начислят пени.

Если налоговая будет в чем-то сомневаться ,то пришлют письмо. Мне прислали (точно не помню) типа: по предоставленной годовой отчетности по ЕСН предполагаемый налог НДФЛ должен быть ...такой-то, а вы перечислили ...столько-то. Почему? Написала им ответ: Начислено з/плата за год столько-то, налог ...столь-то. Перечислила налога столь-то потому-что не выдана з/плата. Пени по налогу начислят только при проверке.