Можно вести раздельный учет в 1С в УСН одновременно УПР и ЕНВ, торговля опт и розница, или не стоит?

В 1С есть управление торговлей например, торговля оптом входит туда же, нет конечно, реально поставить 10-ок программ и настроить обмен данными, учтите , что после первого обновления, любой из них, обмен (программу ) придется переписывать. Стоимость написания таких программ как правило, около 1000 рублей в час за одного программиста. За какое время напишут, зависит от квалификации. Конкретно сейчас возможно вам не хватает одного файла "правила обмена" который пишется персонально по востребованности потребителя, ну и настройка делается граммотным пользователем.

Я веду все предприятие в одной программе, в типовой конфигурации. Типовая конфигурация удобна тем, что там есть возможность вести полный учет. Только программу надо дорабатывать. Добавить КДиР (она пригодится и для УСНО и для ЕНВД). В упрощенной программе вести ЕНВД будет затруднительно по причине усеченного учета. А на ЕНВД учет ведется стандартный. И еще главное правило, что бы все работало отлаженно, надо внимательно работать с субконто. И тогда программа будет цифры выдавать и документы формировать по первому Вашему желанию.