может ли бухгалтерия уменьшить зар.плату из-за праздников в гос.учреждении?

нет не может.

если оклад нет, если почасовая то соответственно проработанных часов, а в январе их мало.

зарплату вообще то уменьшает не бухгалтерия, а руководство соответствующим приказом

з/пл в январе может быть меньше чем в прочие месяцы, если расчет почасовой или от выработки
если оклад - то ничего не меняется
могли ещё например какую-нибудь премию-надбавку убрать,
попробуйте поговорить с бухами, которые з/пл считают, там тоже люди сидят чессслово :)

Явно вы решили её недоначислить не себе.