как учитывается НДС у организации ( общего режима)которая работает с организацией на упращенной системе налогообложен

Никак не учитывать вычет по НДС можно получить только по счет-фактуре, гда НДС выделен, а если вы у них покупаете, то накручиваете на товар НДС

Ну, во-первых те, кто на упращенке работают не имеют право выписывать счета-фактуры.
А если вы должны им заплатить, то платите без НДС, а если они то с НДС, вроде 18%.

Счета фактуры упрощенцы выписывают, но без НДС (Кстати они имеют на это полное право). Соответственно у Вас никакого учета НДС по работе с упрощенцами нет. НДС к вычету не ставится т.к. его и нет. Короче, они слишком жадные, Вы им переплачиваете ровно на сумму НДС. Требуйте с них скидок или чтобы они зарегестрировали фирму с общим режимом. И вообще надо избегать работать с такими контрагентами.

некорректный вопрос, что именно тебя интересует?

Согласно пункту 2 статьи 346.11 Налогового кодекса фирмы, перешедшие
на упрощенку в принудительном порядке освобождаются от уплаты НДС
(за исключением налога, который нужно заплатить при ввозе товаров в
Россию). Поэтому упрощенцы не должны выставлять своим покупателям
счет-фактуру, а также выделять сумму налога в расчетных документах.
Если же фирма-упрощенец оформит для своего покупателя
счет-фактуру с выделенным НДС, то сумму налога, указанную в этом
счете-фактуре, ей придется перечислить в бюджет. Это следует из
пункта 5 статьи 173 Налогового кодекса. При этом уменьшить величину
НДС на сумму налоговых вычетов не получится