как разобраться в начислении заработной платы сотрудникам в коммерческой организации

вам лучше всего - почитать книжку Воробьевой начисление зарплаты и ЕСН. Очень доступно написано
http://boffobooks.ru/book.html?from=yml&id=15783

У вас наверняка есть штатное расписание и там указаны оклады этих людей, вот и рассчитывайте за фактически отработанное время (т.е. по графику рабочего времени). Если в месяце положено отработать 22 раб. дня и он их отработал, то начисляете ему его оклад, удерживаете с дохода НДФЛ, а уже потом из всего фонда оплаты труда (т.е. всех работников) начисляете ЕСН, ФСС и т.д.