как проверить «чистоту» квартиры при покупке ее не через риэлторов

Заказать справку в "Департаменте" об отсутствии арестов по адресу, и такую-же справку в БТИ.

еще по милицейской базе проверяют кто был прописан( через знакомых конечно)

Ну и что арестов нет, а кто там был прописан, кто когда был собственником. Уважаемый люди этим занимаются и получают за это деньги, всё справедливо. Может тебе ещё сделку в он-лайне провести, так не вопрос, только виноватых будешь искать -к зеркалу подойди