как налоговая контролирует доходы частных предпринимателей

налоговая не контролирует доходы и расходы, а проводит проверки на основании предоставленных деклараций и сведений, полученных от иных лиц и организаций

Ежегодно до 1 мая ИП подает в налоговую декларацию о доходах по форме 3-ндфл. После ее обработки налоговая проводит камеральную или выездную проверку. Для этого требуют все документы на проверку. Это в том случае если у вас общая система налогообложения. а если вы на ЕНВД, то ни кто ни чего увас не проверяет. Сдавайте только декларацию ежеквартально и все дела.

В первую очередь камерально, затем в случае выявления значительных расхождений назначают проверку. По моему так

При УСНО, видно по декларации.
Если при общепринятой системе по НДС(декларации).
Если при ЕНВД, по форме №2 "Отчет о прибылях и убытках".
А вообще налоговая может сделать запрос в банк , где ваш расчетный счет и проверить кассовую книгу , если у вас есть ККТ. Они имеют на это право.

Доходы контролируются так:
1. Показания ККМ сравнивают с книгой доходов и расходов.
2. Поступления от контрагентов на расчетные счета сравнивают с книгой доходов и расходов.
При расхождении выручки ККМ и поступлений на расчетный счет требуют договора и иные документы, согласно которым поступления не отнесены к доходам.

Всё делают во время камеральной проверки.

Во время выездной начисляют штрафы за неправильный кассовый учет и учет основных средств. А также за неуплату НДС в предусмотренных случаях, начисление взносов в ПФР, в ФСС по НС, хреновый кадровый учет :)