как начисляются алименты с ИП на УСН «Доходы»

алименты уплачиваются с суммы дохода после уплаты всех обязательных платежей (налогов, з/п сотрудникам, оплаты поставщикам и пр.), т.е с чистой прибыли

Точно так же как и на других режимах налогообложения!