Как купить квартиру у общественной неприбыльной организации , показав ее реальную стоимость?

Когда стоимость квартиры занижали с целью ухода от налогов (физики, подоходный, стоимость до миллиона рублей, кажется) - то делали так: в договор писали стоимость в миллион, а разницу с фактической прописывали в этом же договоре как "доплату за неотделимые улучшения", примерно такая была формулировка. Соответственно прописывали порядок ее возвращения в случае расторжения договора по любой причине, вместе с основной стоимостью.

Не знаю, насколько это применимо сейчас вообще и в вашем случае в частности, но, может быть, натолкнет на какие-то мысли...

Вообще надо к опытному риэлтору/юристу, конечно - вопрос-то недешевый, лучше подстраховаться.