ИП находился за границей в течение 2008 года более 183 дней и усн

В статье 346.13 НК РФ (да и вообше в главе 26.2 НК РФ) нет условия о том, что ИП должен находиться на территории РФ более 183 дней. Это условие есть только в Главе 23 НК РФ, т.е. применяется только для НДФЛ.
Если же в Вашем вопросе речь шла не об УСН, а об ЕНВД (упомянутый Вами "единый налог"), то в Главе 26.3 тоже нет условий о 183 днях.
Таким образом, ИП вне зависимости от того, сколько времени он провел за пределами РФ, платит налоги как ИП по УСН или ЕНВД в общем порядке.

Если есть налогооблагаемая база, почему он не должен платить единый налог?
И отчитаться -тоже должен, в любом случае.

ведь речь идет о физическом лице,что он находился за границей..а бизнес то его работал здесь..поэтому привязки нет..согласно выбранной системе налогообложения,он должен и отчитаться и заплатить..документ,если Вы имели ввиду законный акт,то скорее всего здесь надо обратиться к Налоговому Кодексу и правилам ведения УСНО