И.П.применяет ЕНВД торговля 2 магазина, 1маг. ссдается в аренд. Каким налогом нужно облагать аренду

Сдача в аренду магазина не попадает под ЕНВД и у Вас возникает раздельный учет. Т.е. для этого вида деятельности у Вас обычное налогообложение или упрощенка (если вы успели подать заявление).
Можете вопросы задать на почту.

Аренда это либо общая система налогообложения либо упрощенка ( заявление подается до 30 ноября, а работать можно будет на ней только с 01 января)