Господа юристы! Как это понимать? Может кто-нибудь обьяснит?

Это означает лишь то, что при оформлении договора на покупку акций и регистрации данного договора не была уведомлена налоговая инспекция. "Отсутствуют в регистрационном деле" означает, что отсутствуют в регистрационном деле ЗАО, которое ведется налоговой. Скорее всего при провере налоговая обнаружила нестыковки своего регистрационного дела с регистрационным делом органа, который провел гос. регистрацию ЗАО.
Вам необходимо подать недостающие документы в налоговую путем личного предоставления нотарально заверенных копий указанных документов или отправки заказным (лучше ценным с описью вложенного) письмом.

Обратиться в арбитражный суд

Это значит, что вопреки всем правилам, стороны составили договор в двух экземплярах, для каждой стороны, и официально, т.е. юридически не оформили эту сделку. Перерегистрировать ЗАО - это совсем одно, а внести изменения - совершенно другое. Если были внесены изменения именно в сведения об акционерах, тогда вы можете как заинтересованное лицо, чьи права и интересы нарушены, обратиться в Арбитражный суд города Москвы. С уважением