Где в программе 1С 7.7 поставить флажок учитывать НДФЛ с больничного листа

У вас какая семерка? бух, Зик? Вообще-то там автоматически все учитывается. С какого больничного? Если по беременности, то НДФЛ не удерживается.

Все в автоматическом режиме, а вообще можете зайти в настройки, там можно выбрать те виды доходво которые облагаются НДФЛ.

Откройте справочники=виды начислений=б/лист=код 2300.,программа сама будет исчислять НДФЛ

Не надо нигде, все заложено в алгоритмах по коду дохода и ставке НДФЛ. Только в настройке Учетная политика есть выбор нарастающим или по месяцу. Остального выбора нет.