Есть протокол ООО,утверждения новой редакции Устава ООО,подписанный одним участником и «секретарем-не участником.Вопрос!

Как решит собрание участников.Устав "в шапочке" можно подписать одним Председателем-"проходит" или двумя участниками(Председатель-один,другой-секретарь)На собрании положено быть Председателю и Секретарю(можно и не участник),участника можно в качестве такового включить третьим для ПОДПИСИ протокола собрания.

и что с этого?

Зачем изобретать велосипеды? Вот вариант, проверенный многократно:
- В протоколе общего собрания участников принимаете решение - функции Председателя возложить на 1-го участника, функции Секретаря - на 2-го участника. Протокол подписывают Председатель и Секретарь, дата составления Протокола, печать ООО;
- На титульном листе Устава - Утверждено решением общего собрания участников, Протокол № и дата, Председатель собрания - подпись, дата, печать ООО.
Все, достаточно.
Удачи.

Кто ставит подписи на уставе - не регламентируется.
Лучше всё же, чтобы подписи поставили все участники. Потом, в случае чего, не скажут, что не одобряли Устав в новой редакции.

А на сшивке устава должен ставить подпись заявитель