Если сумма дохода меньше, чем стандартные вычеты НДФЛ, как в этом случаи считать подоходный налог?

А за прошедшие месяца доход был нормальный?Больше вычета?НДФЛ считается накопительным с начала года. Если в каком то периоде он получился "минусовым", значит скорректируется по итогам года..На "минусовую" сумму НДФЛ, увеличится задолженность по з/плате.

В этом случае подоходного налога не будет

Значит налога нет. Все будет отдано работнику.