Если оформлена Шенгенская виза через Финляндию, но первой страной пребывания будет Эстония…

2 правила:
1) правило страны первого въезда - первый въезд в шенгенскую зону надо сделать в страну, выдавшую визу (тем более и Эстония, и Финляндия граничат с РФ)
2) число дней пребывания в стране, выдашей визу, должно быть больше, чем в любой другой стране шенген, за весь срок действия визы.
Если нарушите одно из них, можете получить отказ в повторной визе.
Перед поездкой в Эстонию прокатитесь на один день (хоть на 1 час) в Финляндию, это не трудно и не шибко дорого (до 800 р за туда+обратно автобусом от гост. Октябрьская)

Будте осторожны на эстонской границе. Могут развернуть назад. Либо могут быть проблемы при получении повторной финской. Согласно правилам - виза должна быть открыта той страной, которой выдана. На границе желательно иметь подтверждение, что вы едите в третью шенгенскую страну, где проведете бОльшее количество дней. Например, мы ездили по немецкой визе в Германию через Эстонию. Виза открыта в Эстонии, но при получении немецкой визы мы предоставляли все билеты и брони, а на границе с Эстонией подтверждение брони отеля в Германии.

По правилам шенгена, ОБЯЗАТЕЛЬНО первой страной въезда должна быть страна, консульством которой была открыта виза. Вас просто напросто могут отправить домой