Если физ. лицо сдает в аренду помещение которое у него в собственности, обязательно ли ему платить НДФЛ каждый месяц?

Нет не обязательно

можно.

Если хочется платить налог, то регистрируйся как ИП и плати 6%, а не 13.

Получение регулярного дохода является предпринимательской деятельностью. У налоговой, сейчас, достаточно головной боли, но рано, или поздно проснутся. Нужна регистрация в качестве Индивидуального предпринимателя, да и налог куда меньше, не 13%, а по упрощенке 6%.