Что значит таможенный ПТС и чем он отличается от обычного?

Это плюс-не будет потом проблем.ПТС из гаи бывает кривой.Потом вдруг всплывает что машина не совсем чиста.Просто ПТС и таможня уполномочна выдавать и гаи.

в нем печать таможни и номер гтд

Таможенный орган выдает ПТС при растаможке транспортного средства.  И уже с этим ПТС вы отправляетесь в гаи для постановки на учет.Это так сказать гарант  для ГАИ , что транспортное средство растаможенно и соответсвует тех.регламенту. если какие то проблемы на таможне, птс просто не выдают и тогда в гаи вам никто новое не выдаст и на учет не поставит