Что это за «компенсация за непредоставление отпуска вовремя»? Как ее рассчитывают? В каких случаях?

Оплата отпуска производится не позднее чем за три дня до его начала. (ст.136 ТК РФ).

Статья 236 ТК РФ. Материальная ответственность работодателя за задержку выплаты заработной платы и других выплат, причитающихся работнику

При нарушении работодателем установленного срока выплаты заработной платы, оплаты отпуска, выплат при увольнении и других выплат, причитающихся работнику, работодатель обязан выплатить их с уплатой процентов (денежной компенсации) в размере не ниже одной трехсотой действующей в это время ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации от невыплаченных в срок сумм за каждый день задержки начиная со следующего дня после установленного срока выплаты по день фактического расчета включительно. Размер выплачиваемой работнику денежной компенсации может быть повышен коллективным договором или трудовым договором. Обязанность выплаты указанной денежной компенсации возникает независимо от наличия вины работодателя.

Пример. Задержали отпускные в размере 10000 руб. на 7 дней. На данный момент (с 25.11.09) ставка рефинансирования 9% годовых.
Расчет такой: 10000*(9%/300)*7=21 руб.

Я не слышал о такой компенсации и в трудовом законодательстве об этом не говорится. Может вы имели ввиду компенсация за неиспользуемый отпуск.