Для начала отправить соответствующее письмо в налоговую с просьбой вернуть переплату (заказным, копию письма и квитанцию сохранить). При неполучении ответа или при получении отрицательного ответа обращаться в суд.
идти в суд. сначала жалоба в вышестоящую организацию, потом в суд.
Заявление в саму налоговую с приложением квитанции, так и пишите что переплатили, зарегистрируйте его или отправте по почте с уведомлением и описью, потом в суд с момента получения от них ответа или если ответа не будет.
сначала жалоба в вышестоящую организацию, потом в суд.