Подскажите, пожалуйста,куда нам платить НДФЛ

По месту регистрации однозначно.

обособленные подразделения регистрировать по месту нахождения магазинов и в ту налоговую платить НДФЛ

если вы осуществляете деятельность в другом городе, то вы обязаны встать там на временный учет и платить налоги по месту регистрации (в вашем случае по месту осуществления деятельности)