В УСН в расходы, как вы верно подметили, включается начисленная и выплаченная заработная плата. А в начисленную заработную плату, в свою очередь, включаются НДФЛ и алименты. (т.е. это то, что удерживается) Таким образом, если вы начислили 500 руб., и выплатили из них 65 руб. НДФЛ, 125 руб. алиментов, и 310 руб. зарплаты на руки - общая сумма = 500 руб. относится на расходы.
Включаются, но только не в расходы организации, а в расходы работника. Ваша организация - только посредник - удержать и перечислить
А в начисленную заработную плату, в свою очередь, включаются НДФЛ и алименты. (т.е. это то, что удерживается)
Таким образом, если вы начислили 500 руб., и выплатили из них 65 руб. НДФЛ, 125 руб. алиментов, и 310 руб. зарплаты на руки - общая сумма = 500 руб. относится на расходы.